Costruita nel 1371, la chiesa, nel corso degli anni, ha subito varie modifiche sia all’interno che all’esterno.
Nella chiesa si conservavano le reliquie di San Clemente e Santa Vittoria (ora nella Parrocchiale), custodite in un’urna in legno dorato provvista di quattro serrature le cui chiavi erano affidate una ciascuno al parroco di San Giovanni, al cappellano della chiesa della Madonna delle Grazie, al rappresentante della comunità locale e da un santesio dell’Ospedale dei poveri di Pian di Carpine, gestito dai monaci Basiliani, originariamente annesso alla chiesa.
L’affresco che rappresenta la Madonna che allatta il Bambino, attribuito a Bartolo di Fredi e Jacopo di Mino del Pellicciaio, si trovava probabilmente sul muro esterno dell’Ospedale.