La chiesa di San Sebastiano in realtà è titolata ai Santi Sebastiano e Rocco ed è localizzata appena fuori dalle mura del centro storico di Paciano.
Sembra che alla fine del VI secolo esistesse un Oratorio di San Sebastiano. Probabilmente più piccolo della costruzione attuale, l’oratorio sarebbe stato ampliato nel corso del XV secolo come ringraziamento dei cittadini di Paciano ai Santi San Sebastiano e San Rocco per lo scampato pericolo della peste. Frammenti di affreschi importanti sono riconducibili alla scuola di Pietro Vannucci.