Il borgo di Agello, situato su un piccolo colle, risale ai secoli X e XI e fu uno dei più importanti insediamenti della zona, tanto che nel Trecento vi erano molte chiese, un convento e un ospedale.
Il castello venne occupato nel 1390 da un gruppo di fuoriusciti da Perugia guidati da Michelozzo Michelotti che qui fece base per le sue leggendarie scorrerie che a lungo terrorizzarono la gente del luogo. Le truppe perugine riuscirono a sottomettere i ribelli e demolirono quasi del tutto il castello; la rocca a difesa dell’ingresso principale e le mura furono ricostruite verso la fine del XIV secolo, fino all’ultima distruzione del 1642 ad opera di Ferdinando II Granduca di Toscana.

Il nome del paese rimanda a quello della ninfa Agilla, che nella mitologia è la protagonista della leggenda che la vede innamorata di Trasimeno, figlio del dio Tirreno.