Situata sulla parte sommitale dell’Isola Polvese, costruita con blocchetti di calcare, arenaria, pietra serena, marne e travertino, è ritenuta un fondamentale punto di riferimento per la conoscenza del primo Romanico umbro. La facciata ha un rosone centrale con cornice in arenaria e due coppie di finestre sovrapposte in corrispondenza delle navate laterali. Il campanile a base quadrata sorge all’esterno della chiesa e in origine doveva essere cuspidato.

Il Monastero benedettino degli Olivetani, costruito perpendicolarmente alla Chiesa di San Secondo, ospitava a piano terra il refettorio e la Sala Capitolare con una volta a botte e vele e tre grandi finestre ogivali, mentre al piano superiore, comunicante con la chiesa, si trovavano le celle dei monaci.

Definitivamente abbondonato a inizi ‘700 a causa dell’impaludamento della zona, l’intero complesso è stato oggetto di un recente recupero architettonico secondo modalità ecocompatibili ed è oggi sede di un centro studi di didattica ambientale. Le spoglie di alcuni monaci rinvenute durante i lavori di ristrutturazione, giacciono ora all’interno della cripta.