La chiesa fu costruita tra il IX e X secolo, molto probabilmente ad opera dei monaci Benedettini.
Eretta su una collina fra il lago Trasimeno e il lago di Chiusi, nel 1948 venne orientata verso la strada comunale e la piazza. Il lato destro rivolto ad ovest, come la vecchia facciata, risultava molto elevato rispetto al piano stradale.
Completamente distrutta dai bombardamenti della seconda guerra mondiale, tra il 1950 e il 1951 la chiesa venne ricostruita tenendo conto dell’antico disegno.