La Chiesa sorse nel XV secolo per volontà della comunità panicalese come ricovero per accogliere i malati di peste. Si tratta di un vero e proprio scrigno che custodisce due tra i più importanti affreschi di tutta l’Umbria:

• Il martirio di San Sebastiano (1505) del Perugino, il maggiore pittore umbro del Rinascimento, in cui ancora una volta il paesaggio del lago Trasimeno è protagonista in un’opera d’arte; il supplizio è ambientato in una piazza monumentale, con il martire flagellato legato ad una colonna che non sembra provare alcun dolore, indifferente alla giostra di arcieri disposti ai suoi piedi.
• La Madonna in trono con angeli musicanti, attribuito a Raffaello, che colpisce per la bellezza compositiva e il tema musicale, un insieme caratterizzato “da tanta grazia, studio, bellezza, modestia ed ottimi costumi” (Vasari, 1568). È verosimile che Raffaello fosse condotto a Panicale grazie a Atalanta Baglioni (proprietaria del castello di Montalera nei dintorni di Panicale), che gli commissionò il celebre Trasporto di Cristo nel sepolcro della Galleria Borghese a Roma.